Dato che fare il root vuol dire formattare il Gemini, probabilmente la procedura migliore sarebbe di farla con una scheda pulita e poi formattarla come ti serve.
Se hai già sulla scheda troppa roba che non puoi perdere io farei come dici tu: riportare tutto sulla memoria interna, fare il backup sulla scheda, rootare, recuperare il backup e poi risistemare la scheda come meglio credi.
Il problema è che ancora non ho capito che tipo di formattazione il Gemini digerisca: per dire, io ho messo su una scheda formattata Fat32, ma perché il Gemini la leggesse se l'è dovuta riformatore lui; chiaro che non sapendo che formato accetta è difficile formattarla prima e dopo metterla su.
Da quanto ne so App2SD lavora sulle schede FAT32 e Link2SD richiede invece una formattazione molto particolare (una parte ext4 e un'altra di tipo diverso, se non ricordo male); tieni comunque presente che senza avere prima il root entrambe le applicazioni funziona no in modo molto ridotto, quindi devi prima rootare e poi installare le applicazioni.
Paolo